Однако беззакония и идолопоклонство на протяжении многих лет не убывали в Израиле, становясь причиной нескончаемых бедствий. И настал день, когда филистимляне победили сынов израильских, истребив среди них тридцать тысяч воинов. Ковчег Завета, высланный Илией на поле брани как залог победы в сопровождении его двоих сыновей, был захвачен в плен, а сыны первосвященника погибли. Услышав эту весть, Илий упал навзничь и испустил дух [1 Цар. 4.1-18]. Так Господь преподал урок, из которого следовало, что втуне уповают на святыню небрегущие о заповедях.
Эта небесная кара, превзошедшая по силе все прежние, потрясла и протрезвила весь Израиль, побудив его сынов воспрянуть от греха и обратиться к Богу с мольбой о пощаде и прощении. В тот час Самуил по велению свыше обратился ко всем коленам Израиля с увещанием совершенно отвергнуть идолопоклонство, в полной мере осознать свои прегрешения и покаяться, чтобы возобновить завет с Богом. Глубокое раскаяние израильтян вернуло им Господне благоволение. Самуил был призван на должность судьи Израиля и многие лета судил свой народ высокомудро и праведно.
Когда Самуил, достигнув преклонных лет, вынужден был снизойти к требованиям израильтян и поставить над ними царя (см. «Цари Израиля») он прежде смиренно и доброхотно предал себя суду народа, который свидетельствовал, что никогда прежде не подвергался притеснениям с его стороны. Тогда Самуил объявил, что их требование греховно в очах Всевышнего. В подтверждение своих слов он испросил Божьего знамения – грома и дождя. В ответ на его прошение загремел гром и полил дождь. изумлённые увиденным, израильтяне покаялись и обратились к пророку с мольбой о ходатайстве пред Господом.
Самуил до конца дней своих не оставлял пророческого служения. Не раз он порицал царя Саула за его беззакония и предавался глубокой скорби по причине его неисправимого нрава. Однако скорбеть Самуилу пришлось недолго, ибо вскоре по повелению свыше он нашёл и тайком от Саула помазал на царство юного Давида, и его провидческий взор предвкусил ожидающие Израиль посредством помазанника торжество справедливости и сияние Божественной славы.